研究基盤情報 - 染色体 & 連鎖地図 - 概要

染色体 & 連鎖地図

  • Integrated map
    1. CL, IT, RI, NK (RGP)
    2. NK (RGP), RGN, IRRI
    3. NK (RGP)
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    The Latest High-Density Rice Genetic Map, Data source RGP(2001.1)
    YAC Clone (test version)
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    イネ遺伝地図解説
    1. CL
      CL は classical linkage map （古典的遺伝地図：形質遺伝子をマーカーとして作られた地図）のことであり、現在 209の形質マーカー遺伝子により構成されている。この地図は、Rice Genetics Cooperative のcommittee reportとして第１版が1990年に、改訂版が1995年に出された（Dr. Kinoshitaにより監修：Rice Genetics Newsletter vol. 12, 9-153, 1995)。多くの日本の大学（主に九大と北大）で、領域別に個別に作成された遺伝地図を重ね合わせて、１２本の染色体についての古典的遺伝地図の基本としたものである。他に 362の形質遺伝子についても、座乗染色体が決定されている。

    2. IT
      IT mapは、統合地図integrated map の意味で、この地図は、83のRFLPマーカーと40の形質遺伝子を、17種のF2 と１つのF3　集団を用いて、同一の地図上にマップしたものである(Yoshimura et al. 35: 49-60, 1997)。CLとIT地図の両方にマップされた形質遺伝子は、実線で結んで示した。ITとR I地図の両方に共通なRFLPマーカーについても、相互の位置確認のため線を引いて示した。

    3. RI
      RI mapは、日本稲の「アソミノリ」とインド稲の「IR24」を交配・育成したrecombinant inbred lines を用い、375のRFLPマーカーをマップして作成したframework mapである (Tsunematsu et al., Breeding Science 46: 279-284, 1996)。RI linesの後代の種子セット（F7世代以降）は、九州大学　吉村淳教授（Kyushu University; e-mail; ayoshiagr.kyushu-u.ac.jp, Fax +81-92-642-2804 or 2822)より入手可能である。RI map 上の375マーカーの遺伝型の分離データ、および大部分のマーカーの塩基配列情報はこのサイトでアクセスできる。

    4. NK
      NK mapは、日本稲「日本晴」とインド稲「カサラス」の交配F2集団（186個体）を用いて 2275のDNAマーカーをマップした、イネにおける最も高密度の分子地図である。このマップは430Mb，1521cMをカバーしており、平均283kbに１つのマーカーをもつ。これ はRice Genome Program (Harushima et al., Genetics 148: 479-494, 1998) が作成したランドマークマップで、全ゲノムの物理地図化および塩基配列解析プロジェクトにベースを提供している。
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