BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000509|10589
(10,589 letters)
Database: NAE000509.fasta
1 sequences; 10,589 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000509|10589|same 2.099e+04 0.0
>NAE000509|10589|same
Length = 10589
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10201 gagtctgggcaaactgcttcttgaatgcgcgggtaaatgtctgttgagagtcgaagcggt 10260
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Sbjct: 10201 gagtctgggcaaactgcttcttgaatgcgcgggtaaatgtctgttgagagtcgaagcggt 10260
Query: 10261 attgcagcgcgatgtccagaatcggacgcgcagtcaggcgtagtgcgaccgccgatttcg 10320
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Sbjct: 10261 attgcagcgcgatgtccagaatcggacgcgcagtcaggcgtagtgcgaccgccgatttcg 10320
Query: 10321 acaaacgacgagcacgaatatacgcgccaatagcatggccagtgacatctttaaacattc 10380
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Sbjct: 10321 acaaacgacgagcacgaatatacgcgccaatagcatggccagtgacatctttaaacattc 10380
Query: 10381 tctgtaagtgccacttggaataacctgctttcgccgctacattgtcgagcgacaggggct 10440
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Sbjct: 10381 tctgtaagtgccacttggaataacctgctttcgccgctacattgtcgagcgacaggggct 10440
Query: 10441 gatccagatgaccttccagccagattaaaaggtcgcgaataatgccggcctgatccataa 10500
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Sbjct: 10441 gatccagatgaccttccagccagattaaaaggtcgcgaataatgccggcctgatccataa 10500
Query: 10501 aatatcctcatcctttcaacaacgagcacctgacatcaggtaattggataatagcatttt 10560
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Sbjct: 10501 aatatcctcatcctttcaacaacgagcacctgacatcaggtaattggataatagcatttt 10560
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Sbjct: 10561 ttgctgttttagcattcagtgtttttttc 10589
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Strand = Plus / Minus
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Strand = Plus / Minus
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Query: 8320 aatgccggatgcggcgtgaacgccttatccgtcctacaaatacccgtaatttcaata 8376
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Sbjct: 4035 aatgccggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaa-accagcaatttcaata 3980
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 791 cggtaaatttaccg 778
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Query: 4540 ccgacgccagtt 4551
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Query: 4736 ttccagcacttt 4747
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Query: 7619 cagtttggcaat 7630
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Sbjct: 481 cagtttggcaat 470
Database: NAE000509.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,589
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 109
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 109
Number of successful extensions: 41
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 25
length of query: 10,589
length of database: 10,589
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effective length of query: 10,575
effective length of database: 10,575
effective search space: 111830625
effective search space used: 111830625
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