BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]


Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= AE000508|15518
         (15,518 letters)

Database: NAE000508.fasta 
           1 sequences; 15,518 total letters

Searching.done


                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

NAE000508|15518|diff                                                 3.075e+04   0.0  
>NAE000508|15518|diff
          Length = 15518

 Score = 3.075e+04 bits (15510), Expect = 0.0
 Identities = 15516/15518 (99%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                         
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Sbjct: 2608 ctaccgctttggcg 2595

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Sbjct: 2500 ggacgatatcgtcc 2487

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 Identities = 13/13 (100%)
 Strand = Plus / Minus

                          
Query: 8760  tttacgcctgatg 8772
             |||||||||||||
Sbjct: 14946 tttacgcctgatg 14934

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
 Identities = 13/13 (100%)
 Strand = Plus / Minus

                          
Query: 1380  cagttggtgtgct 1392
             |||||||||||||
Sbjct: 10176 cagttggtgtgct 10164

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
 Identities = 13/13 (100%)
 Strand = Plus / Minus

                          
Query: 14934 catcaggcgtaaa 14946
             |||||||||||||
Sbjct: 8772  catcaggcgtaaa 8760

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
 Identities = 13/13 (100%)
 Strand = Plus / Minus

                         
Query: 1307 ctggtacagcttt 1319
            |||||||||||||
Sbjct: 6408 ctggtacagcttt 6396

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
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 Strand = Plus / Minus

                         
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            |||||||||||||
Sbjct: 4413 caccgccaccacc 4401

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
 Identities = 22/25 (88%)
 Strand = Plus / Minus

                                     
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            |||||||||||   |||||||||||
Sbjct: 2990 aaagccagtccgctggactggcttt 2966

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
 Identities = 13/13 (100%)
 Strand = Plus / Minus

                         
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            |||||||||||||
Sbjct: 2460 ggtggtggcggtg 2448

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
 Identities = 13/13 (100%)
 Strand = Plus / Minus

                          
Query: 10164 agcacaccaactg 10176
             |||||||||||||
Sbjct: 1392  agcacaccaactg 1380

 Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
 Identities = 13/13 (100%)
 Strand = Plus / Minus

                         
Query: 6396 aaagctgtaccag 6408
            |||||||||||||
Sbjct: 1319 aaagctgtaccag 1307
  Database: NAE000508.fasta
    Posted date:  May 26, 2005  3:22 PM
  Number of letters in database: 15,518
  Number of sequences in database:  1
  
Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31 

Gapped
Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31 


Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 225
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 225
Number of successful extensions: 36
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
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length of query: 15,518
length of database: 15,518
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effective length of query: 15,503
effective length of database: 15,503
effective search space: 240343009
effective search space used: 240343009
T: 0
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S1: 12 (24.3 bits)
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