BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000500|11383
(11,383 letters)
Database: NAE000500.fasta
1 sequences; 11,383 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000500|11383|same 2.257e+04 0.0
>NAE000500|11383|same
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Strand = Plus / Plus
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Query: 11281 cgttaatcatccgtcgttgactccatgccgattcgggttaatctggtagcgatccccgtc 11340
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Query: 11341 gatacttttgacgaaggcggcagggatcgcagaagggttattg 11383
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Sbjct: 11341 gatacttttgacgaaggcggcagggatcgcagaagggttattg 11383
Score = 48.1 bits (24), Expect = 4e-07
Identities = 38/40 (95%), Gaps = 2/40 (5%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3793 atactgtaaagccggagacatg-ctccggctttacagtat 3831
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Sbjct: 3831 atactgtaaagccggag-catgtctccggctttacagtat 3793
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Strand = Plus / Minus
Query: 9176 gttcagcatgctgaac 9191
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Sbjct: 9191 gttcagcatgctgaac 9176
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.10
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 506 ctgacgggtcaggac 520
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Sbjct: 7903 ctgacgggtcaggac 7889
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.10
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Strand = Plus / Minus
Query: 7889 gtcctgacccgtcag 7903
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Sbjct: 520 gtcctgacccgtcag 506
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.41
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1578 tcatattaatatga 1591
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Sbjct: 1591 tcatattaatatga 1578
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.6
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Query: 1792 ccaacttactgat 1804
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Sbjct: 2539 ccaacttactgat 2527
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Query: 2527 atcagtaagttgg 2539
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Sbjct: 1804 atcagtaagttgg 1792
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 3503 aaccgtgacgcg 3514
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Sbjct: 7877 aaccgtgacgcg 7866
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 3575 tgttgcatgaag 3586
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Sbjct: 6275 tgttgcatgaag 6264
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Query: 5262 attaagcttaat 5273
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Sbjct: 5273 attaagcttaat 5262
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Strand = Plus / Minus
Query: 6264 cttcatgcaaca 6275
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Sbjct: 3586 cttcatgcaaca 3575
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.3
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Query: 7866 cgcgtcacggtt 7877
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Sbjct: 3514 cgcgtcacggtt 3503
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 3017 attcgatcgaat 3028
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Sbjct: 3028 attcgatcgaat 3017
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.3
Identities = 12/12 (100%)
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Query: 2770 ggaagatcttcc 2781
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Sbjct: 2781 ggaagatcttcc 2770
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.3
Identities = 12/12 (100%)
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Query: 594 tgatgcgcatca 605
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Sbjct: 605 tgatgcgcatca 594
Database: NAE000500.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 11,383
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 99
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 99
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 11,383
length of database: 11,383
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effective length of query: 11,369
effective length of database: 11,369
effective search space: 129254161
effective search space used: 129254161
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