BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000491|11152
(11,152 letters)
Database: NAE000491.fasta
1 sequences; 11,152 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000491|11152|same 2.211e+04 0.0
>NAE000491|11152|same
Length = 11152
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Identities = 11152/11152 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 11101 tgtttaatgtttttataaatatcgcagctgaatgttcacagaaaaaaatcga 11152
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Strand = Plus / Minus
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 2923 cgacgttaacgtcg 2910
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Query: 1348 ttttccgccagc 1359
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Sbjct: 5402 ttttccgccagc 5391
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Strand = Plus / Minus
Query: 510 aaacgtgacgaaagcg 525
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Sbjct: 1996 aaacttgacgaaagcg 1981
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Query: 9240 gtcagtccatca 9251
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Sbjct: 1677 gtcagtccatca 1666
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.1
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Query: 5391 gctggcggaaaa 5402
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Sbjct: 1359 gctggcggaaaa 1348
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.1
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Strand = Plus / Minus
Query: 1981 cgctttcgtcaagttt 1996
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Sbjct: 525 cgctttcgtcacgttt 510
Database: NAE000491.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 11,152
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 79
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Number of extensions: 79
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Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
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effective search space used: 124055044
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S2: 12 (24.3 bits)