BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000476|14674
(14,674 letters)
Database: NAE000476.fasta
1 sequences; 14,674 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000476|14674|same 2.909e+04 0.0
>NAE000476|14674|same
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 3304 gggtcggcagcaa 3292
Score = 26.3 bits (13), Expect = 2.7
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3292 ttgctgccgaccc 3304
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Sbjct: 2719 ttgctgccgaccc 2707
Score = 26.3 bits (13), Expect = 2.7
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 12218 actctttcgccag 12230
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Sbjct: 685 actctttcgccag 673
Database: NAE000476.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 14,674
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 202
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 202
Number of successful extensions: 26
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 14
length of query: 14,674
length of database: 14,674
effective HSP length: 14
effective length of query: 14,660
effective length of database: 14,660
effective search space: 214915600
effective search space used: 214915600
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 13 (26.3 bits)