BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000451|10148
(10,148 letters)
Database: NAE000451.fasta
1 sequences; 10,147 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000451|10147|diff 2.007e+04 0.0
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|||||||||||||||
Sbjct: 2418 cgtcaggcggtacgt 2404
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.32
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5973 cgcaccatggtgcg 5986
||||||||||||||
Sbjct: 5986 cgcaccatggtgcg 5973
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 249 gcaacaaagcgat 261
|||||||||||||
Sbjct: 7207 gcaacaaagcgat 7195
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 249 gcaacaaagcgat 261
|||||||||||||
Sbjct: 5936 gcaacaaagcgat 5924
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 16/17 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2238 tatgaattttaccgtcg 2254
||||| |||||||||||
Sbjct: 5866 tatgagttttaccgtcg 5850
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 16/17 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5850 cgacggtaaaactcata 5866
||||||||||| |||||
Sbjct: 2254 cgacggtaaaattcata 2238
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7194 atcgctttgttgc 7206
|||||||||||||
Sbjct: 261 atcgctttgttgc 249
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5924 atcgctttgttgc 5936
|||||||||||||
Sbjct: 261 atcgctttgttgc 249
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4453 gaagtggttcat 4464
||||||||||||
Sbjct: 7065 gaagtggttcat 7054
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4515 gggcgaagggct 4526
||||||||||||
Sbjct: 4553 gggcgaagggct 4542
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4542 agcccttcgccc 4553
||||||||||||
Sbjct: 4526 agcccttcgccc 4515
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7053 atgaaccacttc 7064
||||||||||||
Sbjct: 4464 atgaaccacttc 4453
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 802 tgcctggtaagc 813
||||||||||||
Sbjct: 829 tgcctggtaagc 818
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 818 gcttaccaggca 829
||||||||||||
Sbjct: 813 gcttaccaggca 802
Database: NAE000451.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,147
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 81
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 81
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,148
length of database: 10,147
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,134
effective length of database: 10,133
effective search space: 102687822
effective search space used: 102687822
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)