BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000448|10390
(10,390 letters)
Database: NAE000448.fasta
1 sequences; 10,390 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000448|10390|same 2.060e+04 0.0
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Sbjct: 10321 tcgtagttatttaaataatgagaacaggccggagcgtaattcacacatccggccttattt 10380
Query: 10381 cttaagctta 10390
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Sbjct: 10381 cttaagctta 10390
Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.005
Identities = 26/29 (89%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3207 caagaagccagccattcgctggcttcttg 3235
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Sbjct: 3235 caagaagccagcgaatggctggcttcttg 3207
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3473 ctggcggggatgg 3485
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Sbjct: 7282 ctggcggggatgg 7270
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7270 ccatccccgccag 7282
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Sbjct: 3485 ccatccccgccag 3473
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10327 ttatttaaataa 10338
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Sbjct: 10338 ttatttaaataa 10327
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5504 tctgaatcgaac 5515
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Sbjct: 8747 tctgaatcgaac 8736
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6939 aaaaacccgcca 6950
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Sbjct: 6973 aaaaacccgcca 6962
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6962 tggcgggttttt 6973
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Sbjct: 6950 tggcgggttttt 6939
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8736 gttcgattcaga 8747
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Sbjct: 5515 gttcgattcaga 5504
Database: NAE000448.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,390
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 87
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 87
Number of successful extensions: 23
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 9
length of query: 10,390
length of database: 10,390
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,376
effective length of database: 10,376
effective search space: 107661376
effective search space used: 107661376
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)