BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000434|10164
(10,164 letters)
Database: NAE000434.fasta
1 sequences; 10,164 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000434|10164|diff 2.012e+04 0.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 180 gttttcccctgt 191
||||||||||||
Sbjct: 9077 gttttcccctgt 9066
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1814 taataaacaggt 1825
||||||||||||
Sbjct: 6189 taataaacaggt 6178
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5612 tcacttcctgat 5623
||||||||||||
Sbjct: 6134 tcacttcctgat 6123
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6123 atcaggaagtga 6134
||||||||||||
Sbjct: 5623 atcaggaagtga 5612
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5365 gccttatccgac 5376
||||||||||||
Sbjct: 5481 gccttatccgac 5470
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5470 gtcggataaggc 5481
||||||||||||
Sbjct: 5376 gtcggataaggc 5365
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 800 ttgattccggaa 811
||||||||||||
Sbjct: 4512 ttgattccggaa 4501
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9289 gatctgtttgtc 9300
||||||||||||
Sbjct: 4328 gatctgtttgtc 4317
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6178 acctgtttatta 6189
||||||||||||
Sbjct: 1825 acctgtttatta 1814
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4501 ttccggaatcaa 4512
||||||||||||
Sbjct: 811 ttccggaatcaa 800
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9066 acaggggaaaac 9077
||||||||||||
Sbjct: 191 acaggggaaaac 180
Database: NAE000434.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,164
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 77
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 77
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 14
length of query: 10,164
length of database: 10,164
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,150
effective length of database: 10,150
effective search space: 103022500
effective search space used: 103022500
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)