BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000429|11156
(11,156 letters)
Database: NAE000429.fasta
1 sequences; 11,156 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000429|11156|same 2.212e+04 0.0
>NAE000429|11156|same
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10981 tgttatagcgattctgctggaccagatggaacagcaaaacggtgcaaaaaataaaaacga 11040
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Query: 11041 acaccaggacaacggctgccaccattgccatctgcttgattgttaacgagcgacttacgc 11100
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Sbjct: 10565 cctgattttgca 10554
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Query: 954 tcgctaaagcga 965
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Sbjct: 8212 tcgctaaagcga 8201
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Query: 1840 agtgccagtaac 1851
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Sbjct: 6487 agtgccagtaac 6476
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.1
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Query: 10554 tgcaaaatcagg 10565
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Sbjct: 6213 tgcaaaatcagg 6202
Score = 24.3 bits (12), Expect = 6.1
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Query: 6476 gttactggcact 6487
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Sbjct: 1851 gttactggcact 1840
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Query: 8201 tcgctttagcga 8212
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Sbjct: 965 tcgctttagcga 954
Database: NAE000429.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 11,156
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 100
Number of Sequences: 1
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Number of successful extensions: 26
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 11,156
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effective search space used: 124144164
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