BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000425|10020
(10,020 letters)
Database: NAE000425.fasta
1 sequences; 10,020 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000425|10020|same 1.986e+04 0.0
>NAE000425|10020|same
Length = 10020
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Identities = 10020/10020 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 3319 attattttatta 3308
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3308 taataaaataat 3319
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Sbjct: 2161 taataaaataat 2150
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2013 gattgtagaggc 2024
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Sbjct: 2049 gattgtagaggc 2038
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2038 gcctctacaatc 2049
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Sbjct: 2024 gcctctacaatc 2013
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6209 gcttttcgcaac 6220
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Sbjct: 1210 gcttttcgcaac 1199
Database: NAE000425.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,020
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 79
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 79
Number of successful extensions: 39
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,020
length of database: 10,020
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,006
effective length of database: 10,006
effective search space: 100120036
effective search space used: 100120036
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)