BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000417|9893
(9893 letters)
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7981 gatcagctgatc 7992
||||||||||||
Sbjct: 7995 gatcagctgatc 7984
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8742 tcagatcaaacg 8753
||||||||||||
Sbjct: 7846 tcagatcaaacg 7835
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1303 cggtaacgccag 1314
||||||||||||
Sbjct: 6887 cggtaacgccag 6876
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4162 cagcgaagaaga 4173
||||||||||||
Sbjct: 4967 cagcgaagaaga 4956
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4953 tcttcttcgctg 4964
||||||||||||
Sbjct: 4176 tcttcttcgctg 4165
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6873 ctggcgttaccg 6884
||||||||||||
Sbjct: 1314 ctggcgttaccg 1303
Database: NAE000417.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 9896
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 85
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 85
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 14
length of query: 9893
length of database: 9896
effective HSP length: 14
effective length of query: 9879
effective length of database: 9882
effective search space: 97624278
effective search space used: 97624278
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)