BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000396|10098
(10,098 letters)
Database: NAE000396.fasta
1 sequences; 10,098 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000396|10098|same 2.002e+04 0.0
>NAE000396|10098|same
Length = 10098
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Strand = Plus / Plus
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Query: 2666 ccgtttcgaaacgg 2679
||||||||||||||
Sbjct: 2679 ccgtttcgaaacgg 2666
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1869 ttaatgcagcagg 1881
|||||||||||||
Sbjct: 9747 ttaatgcagcagg 9735
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 203 tgccttttatctt 215
|||||||||||||
Sbjct: 6486 tgccttttatctt 6474
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9735 cctgctgcattaa 9747
|||||||||||||
Sbjct: 1881 cctgctgcattaa 1869
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6474 aagataaaaggca 6486
|||||||||||||
Sbjct: 215 aagataaaaggca 203
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3192 gtcggcacccag 3203
||||||||||||
Sbjct: 8417 gtcggcacccag 8406
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4313 aaacaccagcgt 4324
||||||||||||
Sbjct: 6778 aaacaccagcgt 6767
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6529 acaacatgttgt 6540
||||||||||||
Sbjct: 6540 acaacatgttgt 6529
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4868 gaataattattc 4879
||||||||||||
Sbjct: 4879 gaataattattc 4868
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1400 ggtgctgatccc 1411
||||||||||||
Sbjct: 4526 ggtgctgatccc 4515
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6767 acgctggtgttt 6778
||||||||||||
Sbjct: 4324 acgctggtgttt 4313
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1844 gatgctggcagg 1855
||||||||||||
Sbjct: 3938 gatgctggcagg 3927
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8406 ctgggtgccgac 8417
||||||||||||
Sbjct: 3203 ctgggtgccgac 3192
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3927 cctgccagcatc 3938
||||||||||||
Sbjct: 1855 cctgccagcatc 1844
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4515 gggatcagcacc 4526
||||||||||||
Sbjct: 1411 gggatcagcacc 1400
Database: NAE000396.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,098
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 110
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 110
Number of successful extensions: 34
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 18
length of query: 10,098
length of database: 10,098
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effective length of query: 10,084
effective length of database: 10,084
effective search space: 101687056
effective search space used: 101687056
T: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)