BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000379|10170
(10,170 letters)
Database: NAE000379.fasta
1 sequences; 10,171 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000379|10171|diff 2.015e+04 0.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 65 tgaaaaaatatc 76
||||||||||||
Sbjct: 7036 tgaaaaaatatc 7025
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2646 tattcttacttc 2657
||||||||||||
Sbjct: 4818 tattcttacttc 4807
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1622 aagcgatgttcc 1633
||||||||||||
Sbjct: 2973 aagcgatgttcc 2962
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4807 gaagtaagaata 4818
||||||||||||
Sbjct: 2657 gaagtaagaata 2646
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2962 ggaacatcgctt 2973
||||||||||||
Sbjct: 1633 ggaacatcgctt 1622
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 519 caacttcgcgga 530
||||||||||||
Sbjct: 1268 caacttcgcgga 1257
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1257 tccgcgaagttg 1268
||||||||||||
Sbjct: 530 tccgcgaagttg 519
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7024 gatattttttca 7035
||||||||||||
Sbjct: 76 gatattttttca 65
Database: NAE000379.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,171
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 91
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 91
Number of successful extensions: 26
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 11
length of query: 10,170
length of database: 10,171
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,156
effective length of database: 10,157
effective search space: 103154492
effective search space used: 103154492
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)