BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000369|9720
(9720 letters)
Database: NAE000369.fasta
1 sequences; 9720 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000369|9720|same 1.927e+04 0.0
>NAE000369|9720|same
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Sbjct: 5810 attatttatcag 5799
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1470 tttatcaaaatt 1481
||||||||||||
Sbjct: 5253 tttatcaaaatt 5242
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5131 tttgtcgacaaa 5142
||||||||||||
Sbjct: 5142 tttgtcgacaaa 5131
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2470 aaagcatttaca 2481
||||||||||||
Sbjct: 4680 aaagcatttaca 4669
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1632 caattttttcat 1643
||||||||||||
Sbjct: 2820 caattttttcat 2809
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6939 gcagcaagttca 6950
||||||||||||
Sbjct: 2614 gcagcaagttca 2603
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4669 tgtaaatgcttt 4680
||||||||||||
Sbjct: 2481 tgtaaatgcttt 2470
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
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Strand = Plus / Minus
Query: 5799 ctgataaataat 5810
||||||||||||
Sbjct: 2424 ctgataaataat 2413
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
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Strand = Plus / Minus
Query: 1631 ccaattttttca 1642
||||||||||||
Sbjct: 1912 ccaattttttca 1901
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
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Strand = Plus / Minus
Query: 7252 taaacttgctcttttc 7267
||||||||||| ||||
Sbjct: 1747 taaacttgctcatttc 1732
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2809 atgaaaaaattg 2820
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Sbjct: 1643 atgaaaaaattg 1632
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1901 tgaaaaaattgg 1912
||||||||||||
Sbjct: 1642 tgaaaaaattgg 1631
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5242 aattttgataaa 5253
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Sbjct: 1481 aattttgataaa 1470
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8483 attgcattgcgt 8494
||||||||||||
Sbjct: 1220 attgcattgcgt 1209
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 960 atgcatatgcat 971
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Sbjct: 971 atgcatatgcat 960
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 163 tcctgatcagga 174
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Sbjct: 174 tcctgatcagga 163
Database: NAE000369.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 9720
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 106
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 106
Number of successful extensions: 42
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 31
length of query: 9720
length of database: 9720
effective HSP length: 14
effective length of query: 9706
effective length of database: 9706
effective search space: 94206436
effective search space used: 94206436
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)