BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000351|10580
(10,580 letters)
Database: NAE000351.fasta
1 sequences; 10,580 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000351|10580|same 2.097e+04 0.0
>NAE000351|10580|same
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10261 gtcgcgtagtgtaagcgatcacttattatatttccacaaaatttaatctatttacagtcc 10320
Query: 10321 tgcgcgagattatttcagctgttattttctgaaactctcagaataatttcaagattatat 10380
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Sbjct: 10441 taattccgcaagcctgacaaaatcaaagtgaataaaaatgcaatataacagaataaaaga 10500
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Sbjct: 1594 cggtcgcgaccg 1583
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Query: 383 tatctgccccgataaaacggggcagata 410
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Sbjct: 410 tatctgccccgttttatcggggcagata 383
Database: NAE000351.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,580
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 103
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Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 21
length of query: 10,580
length of database: 10,580
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effective length of query: 10,566
effective length of database: 10,566
effective search space: 111640356
effective search space used: 111640356
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S2: 12 (24.3 bits)