BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000350|10401
(10,401 letters)
Database: NAE000350.fasta
1 sequences; 10,401 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000350|10401|diff 2.058e+04 0.0
>NAE000350|10401|diff
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Strand = Plus / Plus
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Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 49 ccaatcatgattgg 62
||||||||||||||
Sbjct: 62 ccaatcatgattgg 49
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7216 caggaatgttaa 7227
||||||||||||
Sbjct: 8937 caggaatgttaa 8926
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8925 ttaacattcctg 8936
||||||||||||
Sbjct: 7228 ttaacattcctg 7217
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1425 attttaaaatta 1436
||||||||||||
Sbjct: 6972 attttaaaatta 6961
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5496 tgaaatatttca 5507
||||||||||||
Sbjct: 5508 tgaaatatttca 5497
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3625 tggtgcctgtgg 3636
||||||||||||
Sbjct: 4873 tggtgcctgtgg 4862
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4862 ccacaggcacca 4873
||||||||||||
Sbjct: 3636 ccacaggcacca 3625
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2545 tggttgcaacca 2556
||||||||||||
Sbjct: 2556 tggttgcaacca 2545
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2018 aaccgtggagtc 2029
||||||||||||
Sbjct: 2444 aaccgtggagtc 2433
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2433 gactccacggtt 2444
||||||||||||
Sbjct: 2029 gactccacggtt 2018
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6960 taattttaaaat 6971
||||||||||||
Sbjct: 1436 taattttaaaat 1425
Database: NAE000350.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,401
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 95
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 95
Number of successful extensions: 43
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,401
length of database: 10,401
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,387
effective length of database: 10,387
effective search space: 107889769
effective search space used: 107889769
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)