BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000343|10004
(10,004 letters)
Database: NAE000343.fasta
1 sequences; 10,004 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000343|10004|same 1.983e+04 0.0
>NAE000343|10004|same
Length = 10004
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Strand = Plus / Plus
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Strand = Plus / Minus
Query: 1076 ttcatcggcgtcaataaacag 1096
|||||| || |||||||||||
Sbjct: 8376 ttcatcagcatcaataaacag 8356
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8807 gctggacgccaac 8819
|||||||||||||
Sbjct: 7853 gctggacgccaac 7841
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3857 gcacacgaaacag 3869
|||||||||||||
Sbjct: 3950 gcacacgaaacag 3938
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3938 ctgtttcgtgtgc 3950
|||||||||||||
Sbjct: 3869 ctgtttcgtgtgc 3857
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 19/21 (90%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8356 ctgtttattgatgctgatgaa 8376
||||||||||| || ||||||
Sbjct: 1096 ctgtttattgacgccgatgaa 1076
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7895 ggcaaatttgcc 7906
||||||||||||
Sbjct: 7906 ggcaaatttgcc 7895
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7165 ctgcccgggcag 7176
||||||||||||
Sbjct: 7176 ctgcccgggcag 7165
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5882 ccagcgcgctgg 5893
||||||||||||
Sbjct: 5893 ccagcgcgctgg 5882
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3953 tggcaacctgga 3964
||||||||||||
Sbjct: 4294 tggcaacctgga 4283
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4283 tccaggttgcca 4294
||||||||||||
Sbjct: 3964 tccaggttgcca 3953
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3095 tcggacgtccga 3106
||||||||||||
Sbjct: 3106 tcggacgtccga 3095
Database: NAE000343.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,004
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 92
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 92
Number of successful extensions: 28
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,004
length of database: 10,004
effective HSP length: 14
effective length of query: 9990
effective length of database: 9990
effective search space: 99800100
effective search space used: 99800100
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)