BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000327|10048
(10,048 letters)
Database: NAE000327.fasta
1 sequences; 10,048 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000327|10048|same 1.992e+04 0.0
>NAE000327|10048|same
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 7598 gattgatgactt 7587
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Strand = Plus / Minus
Query: 2003 ttgccatcgcag 2014
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Sbjct: 6939 ttgccatcgcag 6928
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Query: 1435 caacgactgccg 1446
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||||||||||||
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Query: 3604 aacgccgccgca 3615
||||||||||||
Sbjct: 1811 aacgccgccgca 1800
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
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Query: 2429 cggcagtcgttg 2440
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Sbjct: 1446 cggcagtcgttg 1435
Database: NAE000327.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,048
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 88
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 88
Number of successful extensions: 34
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 18
length of query: 10,048
length of database: 10,048
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effective length of query: 10,034
effective length of database: 10,034
effective search space: 100681156
effective search space used: 100681156
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X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)