BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000313|10144
(10,144 letters)
Database: NAE000313.fasta
1 sequences; 10,144 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000313|10144|same 2.011e+04 0.0
>NAE000313|10144|same
Length = 10144
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Strand = Plus / Plus
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Query: 7783 tgccggatgcagcgtgaacgccttatccggcctacggctcggatttgtaggcctgataag 7842
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Sbjct: 932 tgccggatgcggcgtaaacgccttatccggcctacggggagcatttgtaggcctgataag 873
Query: 7843 acgc-gccagcgtcgcatcaggca 7865
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Sbjct: 872 acgcggcaagcgtcgcatcaggca 849
Score = 93.7 bits (47), Expect = 7e-21
Identities = 76/83 (91%), Gaps = 2/83 (2%)
Strand = Plus / Minus
Query: 850 gcctgatgcgacgcttgccgcgtcttatcaggcctacaaatgctccccgtaggccggata 909
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Sbjct: 7776 gcctgatgcgacgctggc-gcgtcttatcaggcctacaaac-cgagccgtaggccggata 7719
Query: 910 aggcgtttacgccgcatccggca 932
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Sbjct: 7718 aggcgtttacgccgcatccggca 7696
Score = 93.7 bits (47), Expect = 7e-21
Identities = 76/83 (91%), Gaps = 2/83 (2%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7696 tgccggatgcggcgtaaacgccttatccggcctacggctcg-gtttgtaggcctgataag 7754
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Sbjct: 932 tgccggatgcggcgtaaacgccttatccggcctacggggagcatttgtaggcctgataag 873
Query: 7755 acgc-gccagcgtcgcatcaggc 7776
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Sbjct: 872 acgcggcaagcgtcgcatcaggc 850
Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.021
Identities = 26/28 (92%), Gaps = 1/28 (3%)
Strand = Plus / Minus
Query: 902 gccggataaggcgttt-acgccgcatcc 928
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Sbjct: 7895 gccggataaggcattttacgccgcatcc 7868
Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.021
Identities = 26/28 (92%), Gaps = 1/28 (3%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7868 ggatgcggcgtaaaatgccttatccggc 7895
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Sbjct: 928 ggatgcggcgt-aaacgccttatccggc 902
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.32
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8334 tgacgatatcgtca 8347
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Sbjct: 8347 tgacgatatcgtca 8334
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1756 ccatcgccacctg 1768
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Sbjct: 1946 ccatcgccacctg 1934
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1934 caggtggcgatgg 1946
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Sbjct: 1768 caggtggcgatgg 1756
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8659 cagcatatgctg 8670
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Sbjct: 8670 cagcatatgctg 8659
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8449 accgttaacggt 8460
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Sbjct: 8460 accgttaacggt 8449
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8308 atcgttaacgat 8319
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Sbjct: 8319 atcgttaacgat 8308
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4201 tcattagcgatg 4212
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Sbjct: 7179 tcattagcgatg 7168
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 444 agcacgcggcaa 455
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Sbjct: 5939 agcacgcggcaa 5928
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7168 catcgctaatga 7179
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Sbjct: 4212 catcgctaatga 4201
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1938 tggcgatggcgg 1949
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Sbjct: 4101 tggcgatggcgg 4090
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 511 cgatccgcagtc 522
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Sbjct: 3249 cgatccgcagtc 3238
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4090 ccgccatcgcca 4101
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Sbjct: 1949 ccgccatcgcca 1938
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3238 gactgcggatcg 3249
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Sbjct: 522 gactgcggatcg 511
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5928 ttgccgcgtgct 5939
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Sbjct: 455 ttgccgcgtgct 444
Database: NAE000313.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,144
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 97
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 97
Number of successful extensions: 53
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 23
length of query: 10,144
length of database: 10,144
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,130
effective length of database: 10,130
effective search space: 102616900
effective search space used: 102616900
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)