BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000305|10524
(10,524 letters)
Database: NAE000305.fasta
1 sequences; 10,524 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000305|10524|same 2.086e+04 0.0
>NAE000305|10524|same
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10321 accaatagcgatttgcagcagcagtgcggctccaaccgtgcgcaaactgatgctcttttt 10380
Query: 10381 attcactgacaacagaaatgctattgccagtaacaccaccatccccacaacacttctcat 10440
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Sbjct: 10381 attcactgacaacagaaatgctattgccagtaacaccaccatccccacaacacttctcat 10440
Query: 10441 tatatccataatgattttcccttcatgccggtaaacccggcgtcagcgccaggttttggt 10500
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Sbjct: 10441 tatatccataatgattttcccttcatgccggtaaacccggcgtcagcgccaggttttggt 10500
Query: 10501 atgcttgatgagtacgggcgacgg 10524
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Sbjct: 10501 atgcttgatgagtacgggcgacgg 10524
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Strand = Plus / Minus
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Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.088
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7553 ggttaatcagataac 7567
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Sbjct: 4179 ggttaatcagataac 4165
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Strand = Plus / Minus
Query: 5297 ctggcgattaacga 5310
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Sbjct: 5310 tcgttaatcgccag 5297
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Strand = Plus / Minus
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Query: 9629 gcaataattgcg 9640
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Query: 5265 tggcaattgcca 5276
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Sbjct: 4778 cagccaggcgat 4767
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Query: 1144 ataactgtcgtg 1155
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Sbjct: 4169 ataactgtcgtg 4158
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Query: 611 gcggcacgccac 622
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Query: 1827 accagcatgttc 1838
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Sbjct: 3705 accagcatgttc 3694
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Query: 3694 gaacatgctggt 3705
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Sbjct: 1838 gaacatgctggt 1827
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Query: 4158 cacgacagttat 4169
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Sbjct: 1155 cacgacagttat 1144
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4067 gtggcgtgccgc 4078
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Sbjct: 622 gtggcgtgccgc 611
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Query: 4767 atcgcctggctg 4778
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Sbjct: 497 atcgcctggctg 486
Database: NAE000305.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,524
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 100
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 100
Number of successful extensions: 52
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 18
length of query: 10,524
length of database: 10,524
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effective length of query: 10,510
effective length of database: 10,510
effective search space: 110460100
effective search space used: 110460100
T: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
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S2: 12 (24.3 bits)