BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000304|10353
(10,353 letters)
Database: NAE000304.fasta
1 sequences; 10,353 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000304|10353|same 2.052e+04 0.0
>NAE000304|10353|same
Length = 10353
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Identities = 10353/10353 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 10321 tgtcagccttttttgattgcggcgtaacgataa 10353
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Sbjct: 10321 tgtcagccttttttgattgcggcgtaacgataa 10353
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.085
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7 ttgtaggccggataa 21
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Sbjct: 94 ttgtaggccggataa 80
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.085
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 80 ttatccggcctacaa 94
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Sbjct: 21 ttatccggcctacaa 7
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 729 acgatgatcatcgt 742
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Sbjct: 742 acgatgatcatcgt 729
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3552 gactggtcattct 3564
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Sbjct: 8423 gactggtcattct 8411
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8411 agaatgaccagtc 8423
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Sbjct: 3564 agaatgaccagtc 3552
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 26 cgccagcgttgc 37
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Sbjct: 7371 cgccagcgttgc 7360
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6927 ggtcatatgacc 6938
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Sbjct: 6938 ggtcatatgacc 6927
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 4573 gcgtcgccattc 4584
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Sbjct: 6342 gcgtcgccattc 6331
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 2866 catcggccaggt 2877
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Sbjct: 6212 catcggccaggt 6201
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5122 cggctattttgt 5133
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Sbjct: 5880 cggctattttgt 5869
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3646 tatcgtcgtact 3657
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Sbjct: 5689 tatcgtcgtact 5678
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 5869 acaaaatagccg 5880
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Sbjct: 5133 acaaaatagccg 5122
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 6331 gaatggcgacgc 6342
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Sbjct: 4584 gaatggcgacgc 4573
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 4095 gaatggcgacgc 4106
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Sbjct: 4584 gaatggcgacgc 4573
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4573 gcgtcgccattc 4584
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Sbjct: 4106 gcgtcgccattc 4095
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 5678 agtacgacgata 5689
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Sbjct: 3657 agtacgacgata 3646
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6201 acctggccgatg 6212
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Sbjct: 2877 acctggccgatg 2866
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2768 gctgaattcagc 2779
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Sbjct: 2779 gctgaattcagc 2768
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 7360 gcaacgctggcg 7371
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Sbjct: 37 gcaacgctggcg 26
Database: NAE000304.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,353
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 106
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 106
Number of successful extensions: 42
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 20
length of query: 10,353
length of database: 10,353
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,339
effective length of database: 10,339
effective search space: 106894921
effective search space used: 106894921
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)