BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000295|20254
(20,254 letters)
Database: NAE000295.fasta
1 sequences; 20,254 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000295|20254|same 4.015e+04 0.0
>NAE000295|20254|same
Length = 20254
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Identities = 20254/20254 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 20250 ccgtaggccggataaggcgttcacgccgcatccggca 20214
Score = 65.9 bits (33), Expect = 6e-12
Identities = 36/37 (97%)
Strand = Plus / Minus
Query: 20214 tgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacgg 20250
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Sbjct: 5338 tgccggatgcggcgtgaacgccttatccgtcctacgg 5302
Score = 46.1 bits (23), Expect = 5e-06
Identities = 36/39 (92%), Gaps = 1/39 (2%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5398 ccgtaggacggataaggcgttttacgccgcatccggcaa 5436
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Sbjct: 20250 ccgtaggccggataaggcg-ttcacgccgcatccggcaa 20213
Score = 46.1 bits (23), Expect = 5e-06
Identities = 36/39 (92%), Gaps = 1/39 (2%)
Strand = Plus / Minus
Query: 20213 ttgccggatgcggcgtgaa-cgccttatccggcctacgg 20250
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Sbjct: 5436 ttgccggatgcggcgtaaaacgccttatccgtcctacgg 5398
Score = 28.2 bits (14), Expect = 1.3
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 19767 cggcaagcttgccg 19780
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Sbjct: 19780 cggcaagcttgccg 19767
Score = 28.2 bits (14), Expect = 1.3
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 17026 ggataatattatcc 17039
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Sbjct: 17039 ggataatattatcc 17026
Score = 28.2 bits (14), Expect = 1.3
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10638 cgggcgatattttt 10651
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Sbjct: 16162 cgggcgatattttt 16149
Score = 28.2 bits (14), Expect = 1.3
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 11016 cgcaatggcaggtg 11029
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Sbjct: 12396 cgcaatggcaggtg 12383
Score = 28.2 bits (14), Expect = 1.3
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 12383 cacctgccattgcg 12396
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Sbjct: 11029 cacctgccattgcg 11016
Score = 28.2 bits (14), Expect = 1.3
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 16149 aaaaatatcgcccg 16162
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Sbjct: 10651 aaaaatatcgcccg 10638
Score = 28.2 bits (14), Expect = 1.3
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10385 tgtgattaatcaca 10398
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Sbjct: 10398 tgtgattaatcaca 10385
Score = 26.3 bits (13), Expect = 5.1
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2157 ggttatgaaatcc 2169
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Sbjct: 19170 ggttatgaaatcc 19158
Score = 26.3 bits (13), Expect = 5.1
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8253 tgatggtgatatc 8265
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Sbjct: 10041 tgatggtgatatc 10029
Score = 26.3 bits (13), Expect = 5.1
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10029 gatatcaccatca 10041
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Sbjct: 8265 gatatcaccatca 8253
Score = 26.3 bits (13), Expect = 5.1
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 19158 ggatttcataacc 19170
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Sbjct: 2169 ggatttcataacc 2157
Database: NAE000295.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 20,254
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 488
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 488
Number of successful extensions: 68
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 20,254
length of database: 20,254
effective HSP length: 15
effective length of query: 20,239
effective length of database: 20,239
effective search space: 409617121
effective search space used: 409617121
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 13 (26.3 bits)