BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000294|16032
(16,032 letters)
Database: NAE000294.fasta
1 sequences; 16,032 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000294|16032|same 3.178e+04 0.0
>NAE000294|16032|same
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Sbjct: 15601 tgatgctgagcaaaaatccgtgccattgcaggtgcatcgcaaatatccgcatgttcaaaa 15660
Query: 15661 acatagcgttcagaatcagaaacatcagcaagtgattcccggtttccggcgtacgttaat 15720
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Sbjct: 15661 acatagcgttcagaatcagaaacatcagcaagtgattcccggtttccggcgtacgttaat 15720
Query: 15721 ttatcgacattaacaacactatcctgcgtattatttataatgtgacgaactacagctgaa 15780
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Sbjct: 15721 ttatcgacattaacaacactatcctgcgtattatttataatgtgacgaactacagctgaa 15780
Query: 15781 ccaataaatcctgcgccaccagtaacaagtattttcacttaatttattccatattacttc 15840
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Sbjct: 15781 ccaataaatcctgcgccaccagtaacaagtattttcacttaatttattccatattacttc 15840
Query: 15841 agagcatgctgtgaaataagcggctctcagtttgattaatagaggtattaatgcacgcta 15900
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Sbjct: 15841 agagcatgctgtgaaataagcggctctcagtttgattaatagaggtattaatgcacgcta 15900
Query: 15901 ccgcccctggctttacagctaccagagcactgcatgcatgcctatgatgtgacgagcgtt 15960
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Sbjct: 15901 ccgcccctggctttacagctaccagagcactgcatgcatgcctatgatgtgacgagcgtt 15960
Query: 15961 acccactcgcgctaaacccgaaaaattcaaacgctaattgtcttaccaatccgctctgga 16020
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Sbjct: 15961 acccactcgcgctaaacccgaaaaattcaaacgctaattgtcttaccaatccgctctgga 16020
Query: 16021 aacaaggaaaat 16032
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Sbjct: 16021 aacaaggaaaat 16032
Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.013
Identities = 17/17 (100%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 5705 attaaggaaggtgcgaa 5689
Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.013
Identities = 17/17 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5689 ttcgcaccttccttaat 5705
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Sbjct: 4517 ttcgcaccttccttaat 4501
Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7775 ataagacatctct 7787
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Sbjct: 8081 ataagacatctct 8069
Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8069 agagatgtcttat 8081
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Sbjct: 7787 agagatgtcttat 7775
Database: NAE000294.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 16,032
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 169
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Number of successful extensions: 15
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 5
length of query: 16,032
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effective length of database: 16,017
effective search space: 256544289
effective search space used: 256544289
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