BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000290|10009
(10,009 letters)
Database: NAE000290.fasta
1 sequences; 10,009 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000290|10009|same 1.984e+04 0.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 1138 tttcaatattgaaa 1151
||||||||||||||
Sbjct: 1151 tttcaatattgaaa 1138
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2380 cgcgaacttttcc 2392
|||||||||||||
Sbjct: 8454 cgcgaacttttcc 8442
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8442 ggaaaagttcgcg 8454
|||||||||||||
Sbjct: 2392 ggaaaagttcgcg 2380
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 363 taagcatctttta 375
|||||||||||||
Sbjct: 1046 taagcatctttta 1034
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1034 taaaagatgctta 1046
|||||||||||||
Sbjct: 375 taaaagatgctta 363
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6489 tggccgttaatc 6500
||||||||||||
Sbjct: 8226 tggccgttaatc 8215
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8215 gattaacggcca 8226
||||||||||||
Sbjct: 6500 gattaacggcca 6489
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 196 cgaattcatcca 207
||||||||||||
Sbjct: 3585 cgaattcatcca 3574
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3574 tggatgaattcg 3585
||||||||||||
Sbjct: 207 tggatgaattcg 196
Database: NAE000290.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,009
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 72
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 72
Number of successful extensions: 22
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 14
length of query: 10,009
length of database: 10,009
effective HSP length: 14
effective length of query: 9995
effective length of database: 9995
effective search space: 99900025
effective search space used: 99900025
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)