BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000285|10165
(10,165 letters)
Database: NAE000285.fasta
1 sequences; 10,166 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000285|10166|diff 2.014e+04 0.0
>NAE000285|10166|diff
Length = 10166
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 9345 ttcccgctgtgggtcacagcgggaa 9321
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8817 taccgcgcggta 8828
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Sbjct: 8828 taccgcgcggta 8817
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4966 cgccagccagca 4977
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Sbjct: 8796 cgccagccagca 8785
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8785 tgctggctggcg 8796
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Sbjct: 4977 tgctggctggcg 4966
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 178 tggtgctggtgg 189
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Sbjct: 3698 tggtgctggtgg 3687
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 919 cgatgctatcgc 930
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Sbjct: 1963 cgatgctatcgc 1952
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1952 gcgatagcatcg 1963
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Sbjct: 930 gcgatagcatcg 919
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3687 ccaccagcacca 3698
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Sbjct: 189 ccaccagcacca 178
Database: NAE000285.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,166
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 99
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 99
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 10
length of query: 10,165
length of database: 10,166
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,151
effective length of database: 10,152
effective search space: 103052952
effective search space used: 103052952
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)