BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000276|10297
(10,297 letters)
Database: NAE000276.fasta
1 sequences; 10,297 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000276|10297|same 2.041e+04 0.0
>NAE000276|10297|same
Length = 10297
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Identities = 10297/10297 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2810 gatggttaaccatc 2823
||||||||||||||
Sbjct: 2823 gatggttaaccatc 2810
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2194 tcttccagcgcca 2206
|||||||||||||
Sbjct: 5850 tcttccagcgcca 5838
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5838 tggcgctggaaga 5850
|||||||||||||
Sbjct: 2206 tggcgctggaaga 2194
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1338 aaaaacgtcaaa 1349
||||||||||||
Sbjct: 10075 aaaaacgtcaaa 10064
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3200 ccagcacaattt 3211
||||||||||||
Sbjct: 4796 ccagcacaattt 4785
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3288 gaatagctattc 3299
||||||||||||
Sbjct: 3299 gaatagctattc 3288
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4785 aaattgtgctgg 4796
||||||||||||
Sbjct: 3211 aaattgtgctgg 3200
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10064 tttgacgttttt 10075
||||||||||||
Sbjct: 1349 tttgacgttttt 1338
Database: NAE000276.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,297
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 86
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 86
Number of successful extensions: 22
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 10
length of query: 10,297
length of database: 10,297
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,283
effective length of database: 10,283
effective search space: 105740089
effective search space used: 105740089
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)