BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000272|10084
(10,084 letters)
Database: NAE000272.fasta
1 sequences; 10,084 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000272|10084|diff 1.998e+04 0.0
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||||||||||||
Sbjct: 8382 ttcatcgtcatg 8371
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4754 cctggtcaggat 4765
||||||||||||
Sbjct: 8269 cctggtcaggat 8258
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6262 cctgcaatattg 6273
||||||||||||
Sbjct: 7127 cctgcaatattg 7116
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7116 caatattgcagg 7127
||||||||||||
Sbjct: 6273 caatattgcagg 6262
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3055 gacgttgcaagc 3066
||||||||||||
Sbjct: 5741 gacgttgcaagc 5730
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8258 atcctgaccagg 8269
||||||||||||
Sbjct: 4765 atcctgaccagg 4754
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1852 ttgcagtgaaag 1863
||||||||||||
Sbjct: 4510 ttgcagtgaaag 4499
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9132 gccgaggcaaaa 9143
||||||||||||
Sbjct: 3793 gccgaggcaaaa 3782
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8371 catgacgatgaa 8382
||||||||||||
Sbjct: 3668 catgacgatgaa 3657
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2990 cggcgtaaaaaa 3001
||||||||||||
Sbjct: 3491 cggcgtaaaaaa 3480
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5730 gcttgcaacgtc 5741
||||||||||||
Sbjct: 3066 gcttgcaacgtc 3055
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3480 ttttttacgccg 3491
||||||||||||
Sbjct: 3001 ttttttacgccg 2990
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1564 ctggatattatt 1575
||||||||||||
Sbjct: 2875 ctggatattatt 2864
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10005 gtgatgaaaatc 10016
||||||||||||
Sbjct: 2409 gtgatgaaaatc 2398
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2234 ctcaaatttgag 2245
||||||||||||
Sbjct: 2245 ctcaaatttgag 2234
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4499 ctttcactgcaa 4510
||||||||||||
Sbjct: 1863 ctttcactgcaa 1852
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2864 aataatatccag 2875
||||||||||||
Sbjct: 1575 aataatatccag 1564
Database: NAE000272.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,084
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 96
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 96
Number of successful extensions: 34
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 24
length of query: 10,084
length of database: 10,084
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,070
effective length of database: 10,070
effective search space: 101404900
effective search space used: 101404900
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)