BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000271|10379
(10,379 letters)
Database: NAE000271.fasta
1 sequences; 10,379 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000271|10379|same 2.058e+04 0.0
>NAE000271|10379|same
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Query: 10261 gcaacgctatatacgctggcagactgggaagagacacaggggtaattttacgctggccta 10320
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Sbjct: 10261 gcaacgctatatacgctggcagactgggaagagacacaggggtaattttacgctggccta 10320
Query: 10321 caattctgtactggcattgtaggccaaataaaacacgtcagtggcacatctggcaattg 10379
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Sbjct: 10321 caattctgtactggcattgtaggccaaataaaacacgtcagtggcacatctggcaattg 10379
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 1851 gcattatataatgc 1838
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Strand = Plus / Minus
Query: 6061 ccagatgccgcca 6073
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Sbjct: 7842 ccagatgccgcca 7830
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Sbjct: 6073 tggcggcatctgg 6061
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 9404 ttcctgcaggaa 9393
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 5092 caaagcccgtaa 5103
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Sbjct: 6223 caaagcccgtaa 6212
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Query: 3020 tgcgcggtcatg 3031
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Sbjct: 6117 tgcgcggtcatg 6106
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Query: 6212 ttacgggctttg 6223
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Sbjct: 5103 ttacgggctttg 5092
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Strand = Plus / Minus
Query: 4695 tggcgcgcgcca 4706
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Sbjct: 4706 tggcgcgcgcca 4695
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 3822 caaaacgttttg 3833
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Sbjct: 3833 caaaacgttttg 3822
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 1891 gtgcttgatatc 1902
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Sbjct: 3804 gtgcttgatatc 3793
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 6106 catgaccgcgca 6117
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Sbjct: 3031 catgaccgcgca 3020
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Query: 3793 gatatcaagcac 3804
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Sbjct: 1902 gatatcaagcac 1891
Database: NAE000271.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,379
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 75
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 75
Number of successful extensions: 19
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,379
length of database: 10,379
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effective length of query: 10,365
effective length of database: 10,365
effective search space: 107433225
effective search space used: 107433225
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S2: 12 (24.3 bits)