BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000270|10106
(10,106 letters)
Database: NAE000270.fasta
1 sequences; 10,106 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000270|10106|same 2.003e+04 0.0
>NAE000270|10106|same
Length = 10106
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Identities = 10106/10106 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 94 tgcgccattctga 106
|||||||||||||
Sbjct: 7264 tgcgccattctga 7252
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2845 gattttgcaggcc 2857
|||||||||||||
Sbjct: 3814 gattttgcaggcc 3802
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3802 ggcctgcaaaatc 3814
|||||||||||||
Sbjct: 2857 ggcctgcaaaatc 2845
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7252 tcagaatggcgca 7264
|||||||||||||
Sbjct: 106 tcagaatggcgca 94
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2754 ttgcggcgtttg 2765
||||||||||||
Sbjct: 4407 ttgcggcgtttg 4396
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3607 cgcaccggcagc 3618
||||||||||||
Sbjct: 4298 cgcaccggcagc 4287
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4287 gctgccggtgcg 4298
||||||||||||
Sbjct: 3618 gctgccggtgcg 3607
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1423 catactggtgat 1434
||||||||||||
Sbjct: 3594 catactggtgat 3583
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4396 caaacgccgcaa 4407
||||||||||||
Sbjct: 2765 caaacgccgcaa 2754
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1941 atgttgcaacat 1952
||||||||||||
Sbjct: 1952 atgttgcaacat 1941
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3583 atcaccagtatg 3594
||||||||||||
Sbjct: 1434 atcaccagtatg 1423
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 482 gtcgcggctttc 493
||||||||||||
Sbjct: 603 gtcgcggctttc 592
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 592 gaaagccgcgac 603
||||||||||||
Sbjct: 493 gaaagccgcgac 482
Database: NAE000270.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,106
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 112
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 112
Number of successful extensions: 34
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,106
length of database: 10,106
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,092
effective length of database: 10,092
effective search space: 101848464
effective search space used: 101848464
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)