BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000252|9921
(9921 letters)
Database: NAE000252.fasta
1 sequences; 9921 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000252|9921|same 1.967e+04 0.0
>NAE000252|9921|same
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6377 aataataaaatt 6388
||||||||||||
Sbjct: 5216 aataataaaatt 5205
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6592 tttttatttaaa 6603
||||||||||||
Sbjct: 4088 tttttatttaaa 4077
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7734 gatgctgcagat 7745
||||||||||||
Sbjct: 2056 gatgctgcagat 2045
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8611 tattttttatat 8622
||||||||||||
Sbjct: 1833 tattttttatat 1822
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8766 aaacctgcactt 8777
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Sbjct: 1322 aaacctgcactt 1311
Database: NAE000252.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 9921
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 92
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 92
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 17
length of query: 9921
length of database: 9921
effective HSP length: 14
effective length of query: 9907
effective length of database: 9907
effective search space: 98148649
effective search space used: 98148649
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)