BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000250|10480
(10,480 letters)
Database: NAE000250.fasta
1 sequences; 10,480 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000250|10480|same 2.078e+04 0.0
>NAE000250|10480|same
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Query: 10381 gcctctgaatttcatcttttgtaagcaatcaacttagctgaatttacttttctttaacag 10440
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Sbjct: 10381 gcctctgaatttcatcttttgtaagcaatcaacttagctgaatttacttttctttaacag 10440
Query: 10441 ttgattcgttagtcgccggttacgacggcattaatgcgca 10480
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Sbjct: 10441 ttgattcgttagtcgccggttacgacggcattaatgcgca 10480
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9366 tgatttaaatca 9377
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Sbjct: 9377 tgatttaaatca 9366
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7977 ccatcatgatgg 7988
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Sbjct: 7988 ccatcatgatgg 7977
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6966 ttttgtacaaaa 6977
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Sbjct: 6977 ttttgtacaaaa 6966
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3430 gctgtgcacagc 3441
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Sbjct: 3441 gctgtgcacagc 3430
Database: NAE000250.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,480
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 73
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 73
Number of successful extensions: 25
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 5
length of query: 10,480
length of database: 10,480
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,466
effective length of database: 10,466
effective search space: 109537156
effective search space used: 109537156
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)