BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000248|10209
(10,209 letters)
Database: NAE000248.fasta
1 sequences; 10,209 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000248|10209|same 2.024e+04 0.0
>NAE000248|10209|same
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Query: 9651 ctgacggtaaata 9663
|||||||||||||
Sbjct: 4719 ctgacggtaaata 4707
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1492 acagtaatactca 1504
|||||||||||||
Sbjct: 3277 acagtaatactca 3265
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3265 tgagtattactgt 3277
|||||||||||||
Sbjct: 1504 tgagtattactgt 1492
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3737 ttccggtggtca 3748
||||||||||||
Sbjct: 8797 ttccggtggtca 8786
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7073 tattctttgtta 7084
||||||||||||
Sbjct: 8293 tattctttgtta 8282
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8282 taacaaagaata 8293
||||||||||||
Sbjct: 7084 taacaaagaata 7073
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2709 aaccccggtacg 2720
||||||||||||
Sbjct: 5778 aaccccggtacg 5767
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8786 tgaccaccggaa 8797
||||||||||||
Sbjct: 3748 tgaccaccggaa 3737
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5767 cgtaccggggtt 5778
||||||||||||
Sbjct: 2720 cgtaccggggtt 2709
Database: NAE000248.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,209
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 56
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 56
Number of successful extensions: 16
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,209
length of database: 10,209
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,195
effective length of database: 10,195
effective search space: 103938025
effective search space used: 103938025
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)