BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000240|10175
(10,175 letters)
Database: NAE000240.fasta
1 sequences; 10,175 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000240|10175|same 2.017e+04 0.0
>NAE000240|10175|same
Length = 10175
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 6002 atacgctggcgg 5991
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3279 tgcaacgttgca 3290
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Sbjct: 3290 tgcaacgttgca 3279
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2919 gaatgatcattc 2930
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Sbjct: 2930 gaatgatcattc 2919
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5991 ccgccagcgtat 6002
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Sbjct: 2793 ccgccagcgtat 2782
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 809 atacgcgcgtat 820
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Sbjct: 820 atacgcgcgtat 809
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6418 tgcagcgcctga 6429
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Sbjct: 640 tgcagcgcctga 629
Database: NAE000240.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,175
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 75
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 75
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 9
length of query: 10,175
length of database: 10,175
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,161
effective length of database: 10,161
effective search space: 103245921
effective search space used: 103245921
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)