BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000227|10477
(10,477 letters)
Database: NAE000227.fasta
1 sequences; 10,477 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000227|10477|same 2.077e+04 0.0
>NAE000227|10477|same
Length = 10477
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Identities = 10477/10477 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 10261 ttaatagccataattgctgcctcccctgcgtaataaggtttgcggtcgtgtcgacctgaa 10320
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Sbjct: 10261 ttaatagccataattgctgcctcccctgcgtaataaggtttgcggtcgtgtcgacctgaa 10320
Query: 10321 atcaaacctgtttagcaagggaagcaaagggggcggagtccagtcagtagcaggaggggc 10380
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Sbjct: 10321 atcaaacctgtttagcaagggaagcaaagggggcggagtccagtcagtagcaggaggggc 10380
Query: 10381 gcatacgcagcctccctcgccatgcggggatttaatcatcggcatcatctcatttcctcg 10440
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Sbjct: 10381 gcatacgcagcctccctcgccatgcggggatttaatcatcggcatcatctcatttcctcg 10440
Query: 10441 tcacagtcttaatcgttaacggaagcccgttgccgcc 10477
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Sbjct: 10441 tcacagtcttaatcgttaacggaagcccgttgccgcc 10477
Score = 42.1 bits (21), Expect = 2e-05
Identities = 42/47 (89%), Gaps = 4/47 (8%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2841 tcacctcattctgac--aagatttaatcttttgtcagaatgaggtga 2885
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Sbjct: 2885 tcacctcattctgacaaaagattaaatc--ttgtcagaatgaggtga 2841
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3057 acctggtcgctaa 3069
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Sbjct: 9811 acctggtcgctaa 9799
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9799 ttagcgaccaggt 9811
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Sbjct: 3069 ttagcgaccaggt 3057
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 420 gtgtgctgttta 431
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Sbjct: 10078 gtgtgctgttta 10067
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5731 gcgttaattaac 5742
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Sbjct: 9182 gcgttaattaac 9171
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8558 gggattaatccc 8569
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Sbjct: 8569 gggattaatccc 8558
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4386 gcccacacgttc 4397
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Sbjct: 7049 gcccacacgttc 7038
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4742 aacgccatcgcc 4753
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Sbjct: 6221 aacgccatcgcc 6210
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9171 gttaattaacgc 9182
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Sbjct: 5742 gttaattaacgc 5731
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6210 ggcgatggcgtt 6221
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Sbjct: 4753 ggcgatggcgtt 4742
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7038 gaacgtgtgggc 7049
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Sbjct: 4397 gaacgtgtgggc 4386
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10067 taaacagcacac 10078
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Sbjct: 431 taaacagcacac 420
Database: NAE000227.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,477
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 82
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 82
Number of successful extensions: 32
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,477
length of database: 10,477
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,463
effective length of database: 10,463
effective search space: 109474369
effective search space used: 109474369
T: 0
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X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)