BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000213|10959
(10,959 letters)
Database: NAE000213.fasta
1 sequences; 10,959 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000213|10959|same 2.173e+04 0.0
>NAE000213|10959|same
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10861 tagctttttattattgctggcggacgctcgttaatatttaaggtcttcattgattaagac 10920
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Query: 10921 atccccaaagttagttatgtattcactgttattaggaca 10959
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Sbjct: 10921 atccccaaagttagttatgtattcactgttattaggaca 10959
Score = 38.2 bits (19), Expect = 4e-04
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Strand = Plus / Minus
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Query: 7008 aataccgccacc 7019
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Sbjct: 9766 aataccgccacc 9755
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Strand = Plus / Minus
Query: 563 ttaggtgccgat 574
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Strand = Plus / Minus
Query: 9755 ggtggcggtatt 9766
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Sbjct: 7019 ggtggcggtatt 7008
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Strand = Plus / Minus
Query: 537 tgattaccaccg 548
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Sbjct: 4133 tgattaccaccg 4122
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.9
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Strand = Plus / Minus
Query: 10513 tgagatgatgct 10524
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Sbjct: 1799 tgagatgatgct 1788
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.9
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Strand = Plus / Minus
Query: 7719 atcggcacctaa 7730
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.9
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Query: 4122 cggtggtaatca 4133
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Sbjct: 548 cggtggtaatca 537
Database: NAE000213.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,959
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
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Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 11
length of query: 10,959
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effective search space: 119793025
effective search space used: 119793025
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