BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000205|10346
(10,346 letters)
Database: NAE000205.fasta
1 sequences; 10,346 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000205|10346|same 2.051e+04 0.0
>NAE000205|10346|same
Length = 10346
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Identities = 10346/10346 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8998 acttttaaaagt 9009
||||||||||||
Sbjct: 9009 acttttaaaagt 8998
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7968 aaccttaaggtt 7979
||||||||||||
Sbjct: 7979 aaccttaaggtt 7968
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 560 tttatttttgat 571
||||||||||||
Sbjct: 5327 tttatttttgat 5316
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4162 attactagtaat 4173
||||||||||||
Sbjct: 4173 attactagtaat 4162
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2956 gcaaagctttgc 2967
||||||||||||
Sbjct: 2967 gcaaagctttgc 2956
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5316 atcaaaaataaa 5327
||||||||||||
Sbjct: 571 atcaaaaataaa 560
Database: NAE000205.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,346
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 65
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 65
Number of successful extensions: 21
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 7
length of query: 10,346
length of database: 10,346
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,332
effective length of database: 10,332
effective search space: 106750224
effective search space used: 106750224
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)