BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000200|10784
(10,784 letters)
Database: NAE000200.fasta
1 sequences; 10,784 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000200|10784|same 2.138e+04 0.0
>NAE000200|10784|same
Length = 10784
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10321 ttaaatggcatttataactattaggtgcagagatattcgcttaaatggattagtttcttt 10380
Query: 10381 gtggaaaagtaactgatgttataatgtatgatgttgactatttcactattccaataaaac 10440
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Sbjct: 10381 gtggaaaagtaactgatgttataatgtatgatgttgactatttcactattccaataaaac 10440
Query: 10441 cagtcagctttaaacaagcagcgtcatattaagagagataaacatttgccgctgttggtc 10500
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Sbjct: 10441 cagtcagctttaaacaagcagcgtcatattaagagagataaacatttgccgctgttggtc 10500
Query: 10501 ctcgcaggccatttacgcggcaaaattccacacgtaatcctggtataagcacttctgcgt 10560
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Sbjct: 10501 ctcgcaggccatttacgcggcaaaattccacacgtaatcctggtataagcacttctgcgt 10560
Query: 10561 cgcggggagtgaatgcggaaatatggacctgaacttctttacgaccgtcggaggggataa 10620
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Sbjct: 10561 cgcggggagtgaatgcggaaatatggacctgaacttctttacgaccgtcggaggggataa 10620
Query: 10621 tgaatcctttgccgcttttgcgatcaaaggttttgacaattcctgtcattttacgggaca 10680
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Sbjct: 10621 tgaatcctttgccgcttttgcgatcaaaggttttgacaattcctgtcattttacgggaca 10680
Query: 10681 aacaaattccttactgaaaatactgcgctgcactatacggggttaataaaataaagccag 10740
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Sbjct: 10681 aacaaattccttactgaaaatactgcgctgcactatacggggttaataaaataaagccag 10740
Query: 10741 cgatatttaagaccgccggacggctaaaataaaatttgcttaat 10784
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Sbjct: 10741 cgatatttaagaccgccggacggctaaaataaaatttgcttaat 10784
Score = 36.2 bits (18), Expect = 0.001
Identities = 24/26 (92%)
Strand = Plus / Minus
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Strand = Plus / Minus
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Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
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Sbjct: 344 accaccgcgcggt 332
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Sbjct: 7720 gggcaattgccc 7709
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.7
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Sbjct: 5977 gcgtgcgcacgc 5966
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Query: 1802 cgttcgcccatt 1813
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Sbjct: 4128 cgttcgcccatt 4117
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.7
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Query: 376 gccagcgtctgg 387
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Sbjct: 3187 gccagcgtctgg 3176
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Query: 1440 cagttacctgaa 1451
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Sbjct: 2894 cagttacctgaa 2883
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Query: 1591 gtgctggcgcgt 1602
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Sbjct: 2390 gtgctggcgcgt 2379
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.7
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Query: 4117 aatgggcgaacg 4128
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Sbjct: 1813 aatgggcgaacg 1802
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.7
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Query: 2379 acgcgccagcac 2390
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Sbjct: 1602 acgcgccagcac 1591
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.7
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Query: 2883 ttcaggtaactg 2894
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Sbjct: 1451 ttcaggtaactg 1440
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.7
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Strand = Plus / Minus
Query: 3176 ccagacgctggc 3187
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Sbjct: 387 ccagacgctggc 376
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.7
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Query: 331 caccgcgcggtg 342
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Sbjct: 342 caccgcgcggtg 331
Database: NAE000200.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,784
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 90
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 90
Number of successful extensions: 28
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,784
length of database: 10,784
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effective length of query: 10,770
effective length of database: 10,770
effective search space: 115992900
effective search space used: 115992900
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S2: 12 (24.3 bits)