BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000186|9963
(9963 letters)
Database: NAE000186.fasta
1 sequences; 9963 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000186|9963|same 1.975e+04 0.0
>NAE000186|9963|same
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Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6259 tgccgttgctggc 6271
|||||||||||||
Sbjct: 5165 tgccgttgctggc 5153
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.2
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7573 caaacttaaagaa 7585
|||||||||||||
Sbjct: 2537 caaacttaaagaa 2525
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4142 agcgtttgctga 4153
||||||||||||
Sbjct: 9712 agcgtttgctga 9701
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4293 tcgcttcaataa 4304
||||||||||||
Sbjct: 4650 tcgcttcaataa 4639
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4639 ttattgaagcga 4650
||||||||||||
Sbjct: 4304 ttattgaagcga 4293
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9701 tcagcaaacgct 9712
||||||||||||
Sbjct: 4153 tcagcaaacgct 4142
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2426 aaagttaacttt 2437
||||||||||||
Sbjct: 2437 aaagttaacttt 2426
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 822 aaaaggattatc 833
||||||||||||
Sbjct: 1224 aaaaggattatc 1213
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1213 gataatcctttt 1224
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Sbjct: 833 gataatcctttt 822
Database: NAE000186.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 9963
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 88
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 88
Number of successful extensions: 38
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 9963
length of database: 9963
effective HSP length: 14
effective length of query: 9949
effective length of database: 9949
effective search space: 98982601
effective search space used: 98982601
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)