BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000181|13976
(13,976 letters)
Database: NAE000181.fasta
1 sequences; 13,976 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000181|13976|same 2.771e+04 0.0
>NAE000181|13976|same
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Strand = Plus / Plus
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Strand = Plus / Minus
Query: 3628 agaaactgaaaa 3639
||||||||||||
Sbjct: 5713 agaaactgaaaa 5702
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6996 cgcgctggcgct 7007
||||||||||||
Sbjct: 5667 cgcgctggcgct 5656
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8952 ggtctggaaggt 8963
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Sbjct: 5570 ggtctggaaggt 5559
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
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Strand = Plus / Minus
Query: 1783 ctggcgaagcgc 1794
||||||||||||
Sbjct: 5446 ctggcgaagcgc 5435
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
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Strand = Plus / Minus
Query: 7975 tgatgctggtgt 7986
||||||||||||
Sbjct: 5430 tgatgctggtgt 5419
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Strand = Plus / Minus
Query: 9619 gagtaaaaacag 9630
||||||||||||
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||||||||||||
Sbjct: 3955 aatattaatatt 3944
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Query: 5702 ttttcagtttct 5713
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Strand = Plus / Minus
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Strand = Plus / Minus
Query: 12207 ctggcgtaacgc 12218
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
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||||||||||||
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
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Query: 5435 gcgcttcgccag 5446
||||||||||||
Sbjct: 1794 gcgcttcgccag 1783
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
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Query: 11323 cggcatggcgaa 11334
||||||||||||
Sbjct: 1650 cggcatggcgaa 1639
Database: NAE000181.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 13,976
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 208
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 208
Number of successful extensions: 74
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 38
length of query: 13,976
length of database: 13,976
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effective length of query: 13,962
effective length of database: 13,962
effective search space: 194937444
effective search space used: 194937444
T: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)