BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000179|10934
(10,934 letters)
Database: NAE000179.fasta
1 sequences; 10,934 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000179|10934|same 2.168e+04 0.0
>NAE000179|10934|same
Length = 10934
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10261 ccgcgatcccggttatgttagcagaagtaaagcgactgctgagctggaaaatcagcgtct 10320
Query: 10321 ggcggggaatgtcagcgagctgacagaggtgtttgcgcgcattaagcagattgctggtca 10380
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Sbjct: 10321 ggcggggaatgtcagcgagctgacagaggtgtttgcgcgcattaagcagattgctggtca 10380
Query: 10381 ggagcatattgatccgctgcaaactgaaattggcagcatggtctatgcggtgaaaccagg 10440
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Sbjct: 10381 ggagcatattgatccgctgcaaactgaaattggcagcatggtctatgcggtgaaaccagg 10440
Query: 10441 cgatggttctgcgcgtgaacaggcggcgagctgccagcgtgtgattggcggtctggcgaa 10500
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Sbjct: 10441 cgatggttctgcgcgtgaacaggcggcgagctgccagcgtgtgattggcggtctggcgaa 10500
Query: 10501 tattgccgaggagtacgcgactaaacgctatcgttctaacgtcatcaactgggggatgtt 10560
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Query: 10621 cattaaagcggcgctggataatccgggtacgacgtttaaaggttatgtgatccatgaaga 10680
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Query: 10741 tatcaaggcgggtagtttgattaacttcaataaaaaccgtcagatgtaaaaagcgccatg 10800
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Query: 10801 tgaatgtaggtcgcattcggcacttattgtcggatgcgatgcttgcgcatcttatccgac 10860
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Sbjct: 10801 tgaatgtaggtcgcattcggcacttattgtcggatgcgatgcttgcgcatcttatccgac 10860
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Sbjct: 10861 ctacgaatcgcatcgaatctgtaggccagataaggcattttcgcagcatccggcacttat 10920
Query: 10921 tgtcggatgcgatg 10934
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Sbjct: 10921 tgtcggatgcgatg 10934
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.37
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 647 ggcgctggcgctgg 660
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Strand = Plus / Minus
Query: 3279 ccagcgccagcgcc 3292
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Sbjct: 660 ccagcgccagcgcc 647
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.5
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Query: 94 gttacattaaggg 106
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Sbjct: 5742 gttacattaaggg 5730
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Query: 2326 gcgctggcgctgg 2338
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Sbjct: 3291 gcgctggcgctgg 3279
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.5
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Query: 3279 ccagcgccagcgc 3291
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Sbjct: 2338 ccagcgccagcgc 2326
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.5
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Strand = Plus / Minus
Query: 5730 cccttaatgtaac 5742
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Sbjct: 106 cccttaatgtaac 94
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3465 ccagattaaggt 3476
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Sbjct: 7898 ccagattaaggt 7887
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4437 agccgcgcggct 4448
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Sbjct: 4448 agccgcgcggct 4437
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
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Query: 7887 accttaatctgg 7898
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Sbjct: 3476 accttaatctgg 3465
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 545 ggaacatgttcc 556
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Sbjct: 556 ggaacatgttcc 545
Database: NAE000179.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,934
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 89
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 89
Number of successful extensions: 25
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 11
length of query: 10,934
length of database: 10,934
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effective length of query: 10,920
effective length of database: 10,920
effective search space: 119246400
effective search space used: 119246400
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