BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000166|15505
(15,505 letters)
Database: NAE000166.fasta
1 sequences; 15,505 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000166|15505|same 3.074e+04 0.0
>NAE000166|15505|same
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Strand = Plus / Plus
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Query: 15241 acataataaatagtatcctgaaggtgcatgttgttatcgatttgcaacgaatgttgttca 15300
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Sbjct: 15241 acataataaatagtatcctgaaggtgcatgttgttatcgatttgcaacgaatgttgttca 15300
Query: 15301 atgttgcaaactgataaccttttattttcacttgggagaaagggggtgatcgaggtatat 15360
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Sbjct: 15301 atgttgcaaactgataaccttttattttcacttgggagaaagggggtgatcgaggtatat 15360
Query: 15361 ctttttctcctttcgctatacatcctaaggagtatttcggcgtgaaattttgatttattt 15420
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Sbjct: 15361 ctttttctcctttcgctatacatcctaaggagtatttcggcgtgaaattttgatttattt 15420
Query: 15421 cacatagagttagtggttttttatttatttaatgattttaagttttttaattaatgtaat 15480
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Sbjct: 15421 cacatagagttagtggttttttatttatttaatgattttaagttttttaattaatgtaat 15480
Query: 15481 tacgaaatgactcgcaggtttaagt 15505
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Sbjct: 15481 tacgaaatgactcgcaggtttaagt 15505
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.75
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 13514 tcgatacgcaggat 13527
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Sbjct: 14101 tcgatacgcaggat 14088
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Strand = Plus / Minus
Query: 2440 cttcttctacccggctga 2457
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Sbjct: 13786 cttcatctacccggctga 13769
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.75
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 14088 atcctgcgtatcga 14101
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Sbjct: 13527 atcctgcgtatcga 13514
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.75
Identities = 17/18 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 13769 tcagccgggtagatgaag 13786
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Sbjct: 2457 tcagccgggtagaagaag 2440
Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 10944 ggtttttccacgc 10956
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Sbjct: 14920 ggtttttccacgc 14908
Score = 26.3 bits (13), Expect = 3.0
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 14908 gcgtggaaaaacc 14920
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Sbjct: 10956 gcgtggaaaaacc 10944
Database: NAE000166.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 15,505
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 184
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Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 7
length of query: 15,505
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effective length of query: 15,491
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effective search space used: 239971081
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