BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000158|10143
(10,143 letters)
Database: NAE000158.fasta
1 sequences; 10,143 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000158|10143|same 2.011e+04 0.0
>NAE000158|10143|same
Length = 10143
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Strand = Plus / Plus
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Query: 6267 aatgccgcgcggcatt 6282
||||||||||||||||
Sbjct: 6282 aatgccgcgcggcatt 6267
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.082
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3860 tgattcgctgctggc 3874
|||||||||||||||
Sbjct: 9805 tgattcgctgctggc 9791
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.082
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9791 gccagcagcgaatca 9805
|||||||||||||||
Sbjct: 3874 gccagcagcgaatca 3860
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.32
Identities = 17/18 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 425 ggcgattatgcagcagct 442
||||||||||||| ||||
Sbjct: 5470 ggcgattatgcaggagct 5453
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.32
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2708 ccgcaaggtctgtt 2721
||||||||||||||
Sbjct: 5412 ccgcaaggtctgtt 5399
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.32
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5399 aacagaccttgcgg 5412
||||||||||||||
Sbjct: 2721 aacagaccttgcgg 2708
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.32
Identities = 17/18 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5453 agctcctgcataatcgcc 5470
|||| |||||||||||||
Sbjct: 442 agctgctgcataatcgcc 425
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4908 cgcatccggcaat 4920
|||||||||||||
Sbjct: 9524 cgcatccggcaat 9512
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9512 attgccggatgcg 9524
|||||||||||||
Sbjct: 4920 attgccggatgcg 4908
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5009 cgcatccggcaa 5020
||||||||||||
Sbjct: 9524 cgcatccggcaa 9513
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6494 cgtggtgcggga 6505
||||||||||||
Sbjct: 8824 cgtggtgcggga 8813
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6574 atggcgacacgc 6585
||||||||||||
Sbjct: 7108 atggcgacacgc 7097
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6403 cccgcaataatc 6414
||||||||||||
Sbjct: 6601 cccgcaataatc 6590
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 7097 gcgtgtcgccat 7108
||||||||||||
Sbjct: 6585 gcgtgtcgccat 6574
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8813 tcccgcaccacg 8824
||||||||||||
Sbjct: 6505 tcccgcaccacg 6494
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6590 gattattgcggg 6601
||||||||||||
Sbjct: 6414 gattattgcggg 6403
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3572 cgcgctcaatggcgtt 3587
|||| |||||||||||
Sbjct: 5718 cgcggtcaatggcgtt 5703
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9513 ttgccggatgcg 9524
||||||||||||
Sbjct: 5020 ttgccggatgcg 5009
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5703 aacgccattgaccgcg 5718
||||||||||| ||||
Sbjct: 3587 aacgccattgagcgcg 3572
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 515 cagtgcctgtca 526
||||||||||||
Sbjct: 1560 cagtgcctgtca 1549
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 670 cccgcgcgcggg 681
||||||||||||
Sbjct: 681 cccgcgcgcggg 670
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 1549 tgacaggcactg 1560
||||||||||||
Sbjct: 526 tgacaggcactg 515
Database: NAE000158.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,143
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 167
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 167
Number of successful extensions: 45
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 23
length of query: 10,143
length of database: 10,143
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,129
effective length of database: 10,129
effective search space: 102596641
effective search space used: 102596641
T: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
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S2: 12 (24.3 bits)