BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000149|10429
(10,429 letters)
Database: NAE000149.fasta
1 sequences; 10,429 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000149|10429|same 2.067e+04 0.0
>NAE000149|10429|same
Length = 10429
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Identities = 10429/10429 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10321 tgcgctttttgcccagcattcagacgaaaattgcccgggaattgtgaaaaaatacgcgac 10380
Query: 10381 agcgcgcaataaccgttctcgactcataaaagtgatgccgctataatgc 10429
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Sbjct: 10381 agcgcgcaataaccgttctcgactcataaaagtgatgccgctataatgc 10429
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.086
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 cccttaattgtgcat 15
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Sbjct: 42 cccttaattgtgcat 28
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.086
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 28 atgcacaattaaggg 42
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Sbjct: 15 atgcacaattaaggg 1
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 606 cgcgattaatcgcg 619
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Sbjct: 619 cgcgattaatcgcg 606
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4709 cagaacgcgcgtt 4721
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Sbjct: 9043 cagaacgcgcgtt 9031
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9031 aacgcgcgttctg 9043
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Sbjct: 4721 aacgcgcgttctg 4709
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3305 tgcaccagaacc 3316
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Sbjct: 8407 tgcaccagaacc 8396
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 418 aacagggcattg 429
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Sbjct: 6620 aacagggcattg 6609
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5253 tgatgtacatca 5264
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Sbjct: 5264 tgatgtacatca 5253
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4989 tgaagatcttca 5000
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Sbjct: 5000 tgaagatcttca 4989
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8396 ggttctggtgca 8407
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Sbjct: 3316 ggttctggtgca 3305
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6609 caatgccctgtt 6620
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Sbjct: 429 caatgccctgtt 418
Database: NAE000149.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,429
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 108
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 108
Number of successful extensions: 38
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,429
length of database: 10,429
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,415
effective length of database: 10,415
effective search space: 108472225
effective search space used: 108472225
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)