BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000143|10281
(10,281 letters)
Database: NAE000143.fasta
1 sequences; 10,281 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000143|10281|same 2.038e+04 0.0
>NAE000143|10281|same
Length = 10281
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Strand = Plus / Plus
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Query: 3958 cagataaatatcc 3970
|||||||||||||
Sbjct: 10039 cagataaatatcc 10027
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10027 ggatatttatctg 10039
|||||||||||||
Sbjct: 3970 ggatatttatctg 3958
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 707 aaagattaaaaa 718
||||||||||||
Sbjct: 9943 aaagattaaaaa 9932
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3715 gcaacaaagcgg 3726
||||||||||||
Sbjct: 6919 gcaacaaagcgg 6908
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6325 aaagcggcgagc 6336
||||||||||||
Sbjct: 6914 aaagcggcgagc 6903
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6903 gctcgccgcttt 6914
||||||||||||
Sbjct: 6336 gctcgccgcttt 6325
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 705 ggaaagattaaa 716
||||||||||||
Sbjct: 5162 ggaaagattaaa 5151
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3166 ataccgaagcgg 3177
||||||||||||
Sbjct: 3769 ataccgaagcgg 3758
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6908 ccgctttgttgc 6919
||||||||||||
Sbjct: 3726 ccgctttgttgc 3715
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3758 ccgcttcggtat 3769
||||||||||||
Sbjct: 3177 ccgcttcggtat 3166
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9932 tttttaatcttt 9943
||||||||||||
Sbjct: 718 tttttaatcttt 707
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5151 tttaatctttcc 5162
||||||||||||
Sbjct: 716 tttaatctttcc 705
Database: NAE000143.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,281
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 95
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 95
Number of successful extensions: 19
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,281
length of database: 10,281
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,267
effective length of database: 10,267
effective search space: 105411289
effective search space used: 105411289
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)