BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000125|10199
(10,199 letters)
Database: NAE000125.fasta
1 sequences; 10,199 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000125|10199|same 2.022e+04 0.0
>NAE000125|10199|same
Length = 10199
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 3498 atgtgccggatagtttatccggcacat 3472
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1967 tcaacgtcccgtt 1979
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Sbjct: 5107 tcaacgtcccgtt 5095
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5095 aacgggacgttga 5107
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Sbjct: 1979 aacgggacgttga 1967
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5445 aataatcacatc 5456
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Sbjct: 8692 aataatcacatc 8681
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 568 gcctaccggcat 579
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Sbjct: 8470 gcctaccggcat 8459
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6367 tattttaaaata 6378
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Sbjct: 6378 tattttaaaata 6367
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2457 cgtgtgcacggcggca 2472
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Sbjct: 5938 cgtgcgcacggcggca 5923
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8681 gatgtgattatt 8692
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Sbjct: 5456 gatgtgattatt 5445
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2333 cgtcggtaaact 2344
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Sbjct: 3156 cgtcggtaaact 3145
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2662 ccggcgcgccgg 2673
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Sbjct: 2673 ccggcgcgccgg 2662
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5923 tgccgccgtgcgcacg 5938
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Sbjct: 2472 tgccgccgtgcacacg 2457
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3145 agtttaccgacg 3156
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Sbjct: 2344 agtttaccgacg 2333
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1125 ttggtgcaccaa 1136
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Sbjct: 1136 ttggtgcaccaa 1125
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8459 atgccggtaggc 8470
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Sbjct: 579 atgccggtaggc 568
Database: NAE000125.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,199
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 103
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 103
Number of successful extensions: 27
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 15
length of query: 10,199
length of database: 10,199
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,185
effective length of database: 10,185
effective search space: 103734225
effective search space used: 103734225
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)