BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000120|10157
(10,157 letters)
Database: NAE000120.fasta
1 sequences; 10,157 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000120|10157|same 2.014e+04 0.0
>NAE000120|10157|same
Length = 10157
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Identities = 10157/10157 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Strand = Plus / Minus
Query: 1947 cagctgcttcacg 1959
|||||||||||||
Sbjct: 7626 cagctgcttcacg 7614
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 312 gaagttatccagc 324
|||||||||||||
Sbjct: 5894 gaagttatccagc 5882
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7614 cgtgaagcagctg 7626
|||||||||||||
Sbjct: 1959 cgtgaagcagctg 1947
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5882 gctggataacttc 5894
|||||||||||||
Sbjct: 324 gctggataacttc 312
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3626 cagtacccagta 3637
||||||||||||
Sbjct: 7875 cagtacccagta 7864
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4176 gaatttaaattc 4187
||||||||||||
Sbjct: 4187 gaatttaaattc 4176
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7864 tactgggtactg 7875
||||||||||||
Sbjct: 3637 tactgggtactg 3626
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1381 tcgataaacgtg 1392
||||||||||||
Sbjct: 2952 tcgataaacgtg 2941
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2941 cacgtttatcga 2952
||||||||||||
Sbjct: 1392 cacgtttatcga 1381
Database: NAE000120.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,157
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 121
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 121
Number of successful extensions: 53
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 11
length of query: 10,157
length of database: 10,157
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,143
effective length of database: 10,143
effective search space: 102880449
effective search space used: 102880449
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)