BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000115|10102
(10,102 letters)
Database: NAE000115.fasta
1 sequences; 10,102 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000115|10102|same 2.003e+04 0.0
>NAE000115|10102|same
Length = 10102
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Strand = Plus / Plus
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Query: 367 tgcatggcaaac 378
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Query: 5629 ttcagcccgcag 5640
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Sbjct: 496 ttcagcccgcag 485
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Query: 8266 ccggtcgtcacc 8277
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
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Query: 509 gtttgccatgca 520
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Sbjct: 378 gtttgccatgca 367
Database: NAE000115.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,102
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 81
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 81
Number of successful extensions: 27
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 25
length of query: 10,102
length of database: 10,102
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effective length of query: 10,088
effective length of database: 10,088
effective search space: 101767744
effective search space used: 101767744
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S2: 12 (24.3 bits)