| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000964 | 3,789,097 | 0 | C | T | 29.3% | 83.0 / 49.1 | 58 | intergenic (‑42/+93) | upp/glyA | uracil phosphoribosyltransferase/serine hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/19); new base T (8/9); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAGATGACTTTCGATTTCGCAGCCTGAACCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTGCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTACACACTTCTATTGATTCTACAAAAAAAGACATTGAGTTTCAAGAACATCGTCAAAAAACCCGCCGGGCATAAGCCCAAGCGGGTTTTAGGATCTTAATAATCTAATTCTTTATATAAAGGAAATTTATCAGTCAGAGCAGCTACACGCTGTCTTGCTTCTTCAAGTTTTCCTTCATCTTCGTGGTTTTTCAATGCAAGCGCAATGATAGCACCGACTTCTTCTAATGCGTCTCCGTCAAAACCGCGGC > NC_000964/3788853‑3789344 | gagaTGACTTTCGATTTCGCAGCCTGAACCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTTCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTatacacg < 2:205578/250‑2 (MQ=255) aTGACTTTCGATTTCGCAGCCTGAACCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTGCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTATACACTTCTa < 1:212724/251‑1 (MQ=255) tGACTTTCGATTTCGCAGCCTGAACCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTGCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTACACACTTCTAt > 2:275584/1‑251 (MQ=255) gACTTTCGATTTCGCAGCCTGAACCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTGCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTATACACTTCTAtt < 2:265045/251‑1 (MQ=255) ttCGATTTCGCAGCCTGAACCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTGCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTACACACTTCTATTGAtt > 1:197359/1‑251 (MQ=255) aTTTCGCAGCCTGAACCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTGCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTATACACTTCTATTGATTCTAc > 2:184633/1‑251 (MQ=255) aaCCGGTGTATTGATATCCACTTCTTCCAGAGGAAGATCGCGGGTAATTTCAAATGCCATGAGTGTAGCCACTTCATCTACTAACTCTCTAAAATCCTTCGTACCTGTATTTTCATTCCGTATATATGTCAGCTTGTGCTGAATTAAAGGATGATCAAATACATAAACCTTTCCCATACTGTGTTTCAGCTCCTTTTTTATTGTCCCATCAACAATTACACACTTCTATTGATTCTACAAAAAAAGACAtt < 1:58353/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |