| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000964 | 1,246,991 | 0 | T | G | 32.0% | 95.2 / 13.0 | 51 | V52G (GTG→GGG) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase, 4‑amino‑5‑hydroxymethyl‑2‑methylpyrimidine and 4‑amino‑5‑hydroxymethyl‑2‑methylpyrimidine pyrophosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/28); new base G (14/2); total (21/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCAGAGCTTTGATCCATGGAACAAATGATATTGCCCGGGCAAAATCCATTTATCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCACGGGGTGCATCCGCTGACTGTAGAGACG‑TTGAGACAGCAAATTGACGCTGTTGCTGAGGATTTGAGACCGGATGCAGTTAAGACGGGAATGCTCTGGAATGCCGACATGATTGAAGAAGTGGCAAGAAAAATTGACGAGTACGGATTCAATCGTGTAATTGTTGATCCGGTTATGATCGCAAAGGGCGGGGCATCCTTGCTGCGTGATGAGTCAGTTGCCACCTTAAAGGAGTTGCTCATTCCAAGAAGCTA > NC_000964/1246747‑1247237 | ggCAGAGCTTTGATCCATGGAACAAATGATATTGCCCGGGCAAAATCCATTTATCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCCC‑AAAAAAAGCTT‑GGCGGTTACGGGGGGCATc > 1:168880/1‑250 (MQ=255) gaacTTTGGTCCATGGAACAAATGATATTGCACGGGCAAAATCCATTTAGCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGTCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGAGGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGTTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCTCGGGGTGCATCCGCTg < 2:37079/248‑1 (MQ=255) tGATCTATGGAACAACTTAGATTGCCCGGGTACAATCCATATATCATAAATGGATTGGGTAATAAAATGAGTGTAGTGTAATGAGTAGATATGAAGCATTGACAAGCGCCGTATACGATTCAGGCGGTGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCGTTCAAGAGCTTGATGGAGTCGGAATGTCTGCGTTTACGGCGGTTACCGCTC‑AAAAGGCTCTT‑GGTGTTCGCGGTAGGCATCCGCTTACTGt < 2:99290/250‑1 (MQ=255) aTCCATGGAACAAATGATATTGCCCGGGCAAAATCCATTTATCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCACGGGGTGCATCCGCTGACTGTaga < 1:147647/251‑1 (MQ=255) tatTGCCCGGGCAAAATCCATTTATCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACACCTC‑CAAATAAGCTT‑GGCGTTCACCGGGTGCATCCGCTGACTGTAGAGACG‑TTGAGGCAgggc > 2:32733/1‑247 (MQ=255) ggCAAAATCCATTTATCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAAACGCTC‑CAAATACGCTT‑GGCGTTTACGGGGGGGATCCGCTGACTGTAGGGACG‑GTGAGGCAGCAAAATTACGCTg > 1:54494/1‑251 (MQ=255) aaTCCATTTATCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCACGGGGTGCATCCGCTGACTGTAGAGACG‑TTGAGACAGCAAATTGACGCTGTTGCt < 1:134594/251‑1 (MQ=255) ttATCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGGAACAGCCCCAAAAT‑CGCTT‑GTGGCTCTCGGGGGGCATCCGTTGCCTGTTGAGACG‑GTTAGCAAGCAAATTGatgccgtttctgttgatt > 2:31290/1‑234 (MQ=255) aTCATAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCACGGGGTGCATCCGCTGACTGTAGAGACG‑TTGAGACAGCAAATTGACGCTGTTGCTGAGGATTTg < 2:161320/251‑1 (MQ=255) aTAAATGGATTGGGTAATAAAAGGAGTGTAGTGTAATGAGTATATATAAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCACGGGGTGCATCCGCTGACTGTAGAGACG‑TTGAGACAGCAAATTGACGCTGTTGCTGAGGATTTgaga < 1:240990/251‑1 (MQ=255) 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ataAAGCATTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCCCTC‑AAAAAACGATT‑GGCGTTTACCGGGGGCATCCCCTGACAGTAGAGACG‑TTGAGACAGCAAATTGACGCTGTTGCTGTGGGTTTGTGAACGAGTGCAGTTAAGACGGGAAAGCTCTGGAAAGCCGATATGaat > 1:72329/1‑249 (MQ=255) aGCAGTGACAATCGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCACGGGGTGCATCCGCTGACTGTAGAGACG‑TTGAGACAGCAAATTGACGCTGTTGCTGAGGATTTGAGACCGGATGCAGTTAAGACGGGAATGCTCTGGAATGCCGACATGATTgaag < 2:183283/251‑1 (MQ=255) cGCCGGATCAGATTCAGGCGGCGGCGCAGGGATACAGGCTGATATTAAAACCTTTCAAGAGCTTGATGTATTCGGAATGTCTGCGATTACGGCGGTAACCGCTC‑AAAATACGCTT‑GGCGTTCACGGGGTGCATCCGCTGACTGTAGAGACG‑TTGAGACAGCAAATTGACGCTGTTGCTGAGGATTTGAGACCGGATGCAGTTAAGACGGGAATGCTCTGGAATGCCGACATGATTGAAGAAGTGGCAAGa < 2:285041/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |